省科學(xué)院廣東微生物研究所謝黎煒研究員團(tuán)隊(duì)聯(lián)合廣州中醫(yī)藥大學(xué)方堅(jiān)松教授團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了中藥腫瘤免疫數(shù)據(jù)庫(kù)（TCMIO），將有利于指導(dǎo)研究傳統(tǒng)中醫(yī)藥的科研人員篩選和挖掘傳統(tǒng)中藥寶藏中的有效單體化合物, 發(fā)揮傳統(tǒng)中醫(yī)學(xué)在攻克腫瘤方面的獨(dú)特作用。

該數(shù)據(jù)庫(kù)包括從文獻(xiàn)中收集的400個(gè)腫瘤免疫靶點(diǎn)以及對(duì)應(yīng)的126972個(gè)配體分子，來(lái)自中國(guó)藥典的618味中藥和1493味復(fù)方制劑，中藥對(duì)應(yīng)的16437個(gè)化學(xué)成分。這些數(shù)據(jù)及其相互關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在PostgreSQL數(shù)據(jù)庫(kù)中，并做成在線網(wǎng)站提供在線瀏覽和下載。除此之外，網(wǎng)站提供Structure和MOA兩個(gè)核心功能，Structure模塊主要是針對(duì)配體和化學(xué)成分進(jìn)行化學(xué)結(jié)構(gòu)搜索，包括子結(jié)構(gòu)、全結(jié)構(gòu)和相似度搜索。針對(duì)配體庫(kù)的化學(xué)結(jié)構(gòu)搜索，可以把特定化學(xué)結(jié)構(gòu)特征的配體分子查詢出來(lái)，并找出對(duì)應(yīng)的腫瘤免疫靶點(diǎn)的活性數(shù)據(jù)；針對(duì)中藥成分庫(kù)的化學(xué)結(jié)構(gòu)搜索，可以把含有特定化學(xué)結(jié)構(gòu)特征某一類化學(xué)成分以及來(lái)源中藥找出。對(duì)于MOA模塊，主要是針對(duì)中藥和復(fù)方制劑進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機(jī)制闡釋模塊，通過(guò)輸入中藥或者復(fù)方名稱，建立中藥-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)，這里的靶點(diǎn)是數(shù)據(jù)庫(kù)中的抗腫瘤免疫靶點(diǎn)，同時(shí)這些靶點(diǎn)會(huì)利用DAVID進(jìn)行KEGG通路富集。數(shù)據(jù)庫(kù)中所有數(shù)據(jù)供全球科研工作者免費(fèi)下載使用，也可以通過(guò)API形式訪問(wèn)獲取。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)，廣州中醫(yī)藥大學(xué)有效預(yù)測(cè)了如姜黃素、枸杞子等傳統(tǒng)中藥的腫瘤免疫靶點(diǎn)。該數(shù)據(jù)庫(kù)的建立對(duì)于揭示天然產(chǎn)物抗腫瘤機(jī)制具有積極意義。

該研究成果《TCMIO: 一個(gè)中藥腫瘤免疫的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)》（TCMIO: A Comprehensive Database of Traditional Chinese Medicine on Immuno-Oncology）發(fā)表在《Frontiers in Pharmacology》。

（省科學(xué)院廣東微生物研究所 劉志紅/供稿）