白肉靈芝作為我國(guó)具有鮮明地域特色的野生資源,首次被廣東省科學(xué)院微生物研究所科研人員采集并進(jìn)行命名,目前已成為科技扶貧的典型案例和帶動(dòng)一方經(jīng)濟(jì)發(fā)展的重要資源,在中國(guó)西南地區(qū)廣泛種植。白肉靈芝是在中國(guó)發(fā)現(xiàn)的靈芝科一新種,具有多種藥理活性,但由于缺乏參考基因組而阻礙了系統(tǒng)的遺傳研究。
近日,省科學(xué)院微生物研究所吳清平院士團(tuán)隊(duì)完成了第一個(gè)白肉靈芝全基因組測(cè)序。科研人員從一個(gè)單核菌株(DH-8)中提取了高質(zhì)量的DNA,并基于Illumina和Nanopore平臺(tái)組裝完成第一個(gè)白肉靈芝全基因組。組裝的基因組大小為50.05Mb,N50為3.06Mb、預(yù)測(cè)到78,206條編碼序列和13,390個(gè)基因。使用 Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs(BUSCO)工具評(píng)估基因組完整性,該工具鑒定了280個(gè)真菌BUSCO基因中的96.55%。此外,分析了白肉靈芝和靈芝之間次級(jí)代謝產(chǎn)物(萜類(lèi)化合物)的功能基因的差異。
研究發(fā)現(xiàn),與靈芝相比,白肉靈芝具有更多與萜類(lèi)化合物合成相關(guān)的基因,這可能是它們表現(xiàn)出不同生物活性的原因之一。據(jù)該項(xiàng)目負(fù)責(zé)人胡惠萍正高級(jí)工程師介紹,這是世界上首次對(duì)白肉靈芝的基因組進(jìn)行組裝和注釋。她認(rèn)為白肉靈芝基因組是目前組裝質(zhì)量最好的靈芝屬物種,該成果對(duì)豐富白肉靈芝生物和遺傳研究的基礎(chǔ)具有引導(dǎo)作用,為今后特定物種的高原適應(yīng)性深層研究奠定基礎(chǔ)。
相關(guān)研究成果發(fā)表在期刊G3-Genes Genomes Genetics上。
相關(guān)論文:Liu, Y., Huang, L., Hu, H., Cai, M., Liang, X., Li, X., ... & Wu, Q. (2021). Whole-genome assembly of Ganoderma leucocontextum (Ganodermataceae, Fungi) discovered from the Tibetan Plateau of China. G3 Genes| Genomes| Genetics.
原文鏈接:https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab337
吳清平院士(左二)團(tuán)隊(duì)與白肉靈芝推廣人員交流
在韶關(guān)產(chǎn)業(yè)園種植的白肉靈芝
(省科學(xué)院微生物研究所/供稿)